Doxygenを使う。eclox

PizzaFactory3でもecloxは使えます。
TOPPERS/JSPのsample1を試しにかけてみました。

需要がどの程度かわかりませんが3rd party toolsに検討してもよいかもです。
簡単な使い方は

• Doxygenで出力したい、プロジェクトを選択する。
• メニューから[File]-[New]-[Other..]でSelect Wizardを開き[Other]にある[Doxygen]を選択して[Next]ボタンを押す。
• [Doxygen Configuration]ウィンドウが表示され、出力するプロジェクトが選択されていることを確認して[Finish]ボタンを押す。
• プロジェクトを見ると「（プロジェクト名）.doxgenfile」というファイルが生成される。
• ダブルクリックすると設定情報が表示されるのでカスタマイズ*1を行う
• 最後にファイルを選択して右クリックから[Build Documentaion]を選択するとファイルを出力する。

*1:Ｃ言語にするとか日本語出力するなど